Khoảng cuối thể kỷ thứ XVIII, trên Núi Bà Đen đã có ngôi chùa đá thờ Linh Sơn Thánh Mẫu. Dân lục tỉnh Nam Bộ hàng năm vào tháng giêng âm lịch hành hương về cúng tế, vãn cảnh chùa Bà, lạy Phật ở Núi Bà Đen ngày càng đông. Lúc ấy, phương tiện đi lại chủ yếu bằng đường sông, ngược sông Vàm Cỏ lên rạch Tây Ninh và neo đậu tàu thuyền ở khu trung tâm Thị xã sau đó lên núi Bà Đen bằng đường bộ.
Chùa Vĩnh Xuân được xây dựng để làm nơi dừng chân của bá tánh và tăng ni, phật tử đi viếng chùa Bà Đen. Vì vậy, chùa Vĩnh Xuân được xem như là một chi nhánh của chùa Bà Đen.
Năm Nhâm Thân (1871) do tổ sư Phước Chi cùng tín đồ phật tử và nhân dân địa phương xây dựng. Chùa Vĩnh Xuân là một trong những ngôi chùa cổ ở Tây Ninh. Kiến trúc xây bằng gạch, cột gỗ tròn, mái lợp ngói. Gồm 3 lớp nhà, mặt hướng về hướng đông, 5 gian có tiền sảnh, hồ sen và tượng Phật Bà quan Thế Âm bồ tát đứng lộ thiên.
Bên cạnh chùa bài trí các ban thờ theo thứ tự của phái phật giáo tiểu thừa. Tại đây, còn lưu giữ nhiều tượng phật cổ, trang trí các hoạ tiết điêu khắc bằng gỗ tinh xảo, nhiều câu đối (liễng) có tuổi trên 100 năm. Ngoài ra, tại chùa còn có giảng đường, nhà tăng ni rộng rãi và khang trang.
